Dengan melalui perjalanan panjang yang cukup melelahkan dan setelah terjadi tiga kali pergantian kepemimpinan nasional dan kabinet pemerintahan, maka terwujudlah cita-cita tersebut dengan SK Menteri Agama tanggal 31 Oktober 2016 M bertepatan dengan 28 Zul Qa’dah 1437 H.dengan dasar Peraturan Menteri Agama RI Nomor 38 Tahun 2016 tentang Pendirian STAIN Majene yang peresmian dilakukan oleh Menteri Agama Lukman Hakim Syaifuddin di Majene tepatnya tanggal 12 Nopember 2016. STAIN Majene berdiri secara resmi dan diresmikan oleh Menteri Agama dan langsung melantik Dr. H. M. Nafis Dj, MA sebagai Ketua.
Meskipun nama STAIN Majene diambil dari nama sebuah tempat dari salah satu ibukota kabupaten di Sulbar, tetapi levelnya adalah provinsi. Pendirian STAIN Majene disemangati oleh keinginan mengangkat derajat tingkat pendidikan di daerah tersebut yang merupakan provinsi termuda saat ini, karena sebelumnya sangat tertinggal jauh provinsi lain. Secara georafis Majene adalah wilayah yang disepakti para pejuang pendirian provinsi Sulbar sebagai pusat pendidikan, sehingga semua perguruan tinggi negeri berada di Kabupaten Majene. Berkat kegigihan dan kerja keras ketua dan wakil ketua terlantik, maka STAIN Majene hanya dalam tempo kurang lebih setahun telah memiliki tenaga pendidik yang rata-rata berkualifikasi Doktor dan diperkuat tenaga kependidikan, sebagian besar adalah mutasi dari instansi lain dan jatah penerimaan Aparatur Sipil Negara.