Pada tahun akademik 1988/1989, Yayasan Universitas Islam Madura (yang didirikan para ulama Nahdlatul Ulama Pamekasan) mendirikan sebuah lembaga pendidkan tinggi Islam yang diberi nama UNISMA (Universitas Islam Madura) dengan 2 (dua) fakultas, yaltu Fakultas Tarbiyah (Jurusan Pendidikan Agama Islam) dan Fakultas Syari’ah (Jurusan Peradilan Agama). Karena pada saat itu terbentur aturan pendirian Universitas pada tahun itu juga UNISMA diubah meniadi Institut Islam Madura (IIM) YUNISMA (tetap diikuti nama YUNISMA dibelakangnya) dengan kedua fakultas dan jurusan yang sama. Untuk memenuhi persyaratan yang ditentukan dalam mendirikan sebuah lnstitut (IIM YUNISMA) pada waktu itu masih banyak mengalami kendala juga sehingga akhimya pada tahun akademik 1989/1990 IIM YUNISMA diubah lagi menjadi Sekolah Tinggi, yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) dan Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) dengan 2 (dua) Jurusan yang sama pula (STIT-STIS tetap diikuti nama YUNISMA) sehingga menjadi STIT-STIS YUNISMA Pamekasan berdasarkan Surat Koputusan Menteri Agama RI, Nomor: 207 Tahun 1991.Dalam perkembangan selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI, Nomor : E/188/1996 tanggal 12 Nopember 1996, STIT-STIS YUNISMA dilebur menjadi satu, bemama Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) YUNISMA Pamekasan dengan kedua jurusan yang ada, hingga mendapatkan Status Terakreditasi (peringkat B) dari BAN-PT Depdiknas RI Nomor : 004/BAN-PT/Ak-IV/IV/2000 (untuk jurusan Ahwal al Syakhsyiyyah d/h Jurusan Peradilan Agama) dan Nomor : 006/BAN-PT/Ak-IV/2000 (untuk jurusan Pendidikan Agama Islam).Dalam rangka merespon perkembangan zaman dan untuk memenuhi aspirasi masyarakat yang berkembang khususnya masyarakat Madura yang membutuhkan lembaga pendidikan tinggi yang lengkap dan mempunyai differensiasi kájian keilmuan yang memadai (mengintegrasikan ilmu umum dan ilmu agama), maka Yàyasan UIM mulai tahun akademik 2000/2001 mengembangkan dan mengubah bantuk STAI YUNISMA menjadi Universitas Islam Madura (UlM) dengan Surat Rekomendasi Kopertis Wilayah VII Jawa Timur Nomor: O949/0O7/AK/2OO0, membuka 6 (enam) fakultas dengan 17 Program Studi Baru yang kemudian mendapatkan Ijin Pendirian Universitas Islam Madura dari Mendiknas RI, Nomor: 59/D/2002, tanggal 4 April 2002. Sebagai Rektor UIM pertama adalah Prof. Drs H. Sunardji Dahri Tiam sampai dengan akhir tahun 2003 dan setelah itu digantikan oleh Drs. H. M. Sähibuddin, SH., M.Pd. untuk Periode 2003-2007 dan 2007-2011 serta diperpanjang sampai dengan tahun 2013. Diakhir tahun akademik 2013/2014 Universitas Islam Madura melakukan pemilihan rektor baru yang kemudian terpilih Ahmad, S.Ag.,M.Pd yang sebelumnya menjabat sebagai Pembantu Rektor II.Dalam kurun waktu 14 tahun UIM telah mempunyai 7 (tujuh) fakultas, termasuk STAl YUNISMA yang kemudian menjadi FAI (Fakultas Agama Islam) berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Bagais Depag RI, Nomor : Dj.II/35/2003.Dengan demikian Universitas Islam Madura (UIM) merupakan perubahan bentuk dan pengembangan kelembagaan dari Sekolah Tinggi (STAI) menjadi Universitas pada tahun 2000 dan mendapatkan Ijin dari Depdiknas RI. No. 59/D/0/2002. UIM Pamekasan senantiasa konsisten terhadap tujuan awalnya yang telah dirancang oleh para pendirinya untuk mencetak sarjana muslim paripurna; menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi, profesional sekaligus beriman dan bertakwa serta berakhlakul karimah. Sebagai lembaga pendidikan tlnggi yang; berada dilingkungan pesantren, (UIM) mengemban amanat dengan misi ganda, yaitu membangun tradisi akademik dan spiritual keIslaman secara integratif. Kiprah dan dinamikanya tetap konsisten pada pertumbuhan dan perubahan serta pembaharuan (growth, change and reform) yang memiliki dua makna sekaligus. yaitu makna spiritual dan material. Sehingga untuk menggapai nilai tersebut maka ditetapkan kompetensi lulusan Universitas Islam Madura (UIM) Pamekasan yaitu : Memiliki kemantapan Aqidah, Keagungan Akhlak, Kematangan Profesional dan Teknopreneur.