Lahirnya IAIN Ambon tidak terlepas adanya dorongan arus bawah dari kalangan masyarakat Islam yang diprakarsai ulama yang menyadari arti pentingnya kehadiran Pendidikan tinggi Islam di Provinsi Maluku. Memperhatikan banyaknya sekolah dan madrasah/pesantren yang berhasil menyelesaikan program studinya pada tingkat menengah atas atau yang sederajat, sementara belum ada pendidikan tinggi yang dapat menampung tamatan tersebut.
Pendirian tersebut didasari atas Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985 dan Keputusan Presiden Nomor 9 tahun 1987. Dan ditindaklanjuti Keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1988, maka pada tanggal 29 Agustus 1988 IAIN Ambon yang pada waktu itu bernama IAIN Alauddin di Ambon secara resmi sebagai Perguruan Tinggi Negeri (PTN) di bawah Departemen Agama yang ada di Ambon.
Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 1997 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ambon, dan pada tahun 2006 beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri Ambon sesuai Peraturan Presiden Nomor 111 Tahun 2006 tanggal 29 Desember 2006, dengan 3 (tiga) fakultas sebagai bagian dari pengembangan IAIN Ambon dalam menyikapi perubahan dan kebutuhan stakeholders akan variasi ilmu-ilmu keislaman saat ini.
Kini, IAIN Ambon telah berkomitmen melakukan pengembangan dan perluasan berbagai program studi melalui Wider Mandate (mandat yang diperluas). Untuk pengembangannya lebih lanjut, IAIN Ambon telah mendirikan Lembaga Pengembangan, sebuah lembaga yang diharapkan dapat merencanakan, mempersiapkan dan mengurusi pengembangan dan restrukrisasi seperti pengembangan program studi baru dan langkah teknis untuk menjadikan IAIN Ambon sebagai lembaga yang mendapatkan kepercayaan di bidang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU).