Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Toraja adalah salah satu Lembaga Pendidikan Tinggi Negeri yang berada di bawah naungan Kementerian Agama C.q Bimas Kristen Kementerian Agama berdasarkan Keppres Nomor 27 Tahun 2004 tanggal 12 April 2004 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Palangka Raya dan Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Toraja. Berdasarkan Keppres ini, dikeluarkanlah Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 347 Tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Palangka Raya dan Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Toraja. Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Toraja merupakan lembaga pendidikan yang cikal bakalnya dari Sekolah Tinggi Teologia Rantepao (STT Rantepao) yang didirikan oleh Gereja Toraja pada tanggal 1 Oktober 1964 melalui Yayasan Pendidikan Teologi Gereja Toraja (YPTh). STT Rantepao lahir dari pergumulan dan keinginan Gereja Toraja dengan melihat kebutuhan untuk mempersiapkan dan menghasilkan tenaga-tenaga Pelayan dan Pendidik baik di Gereja Toraja, Pemerintahan, Swasta maupun di beberapa dominasi Gereja Kristen Protestan lain (misalnya: Gereja Toraja Mamasa, Gereja Protestan Indonesia Luwu, Gereja Protestan Sulawesi Tenggara) yang masih dirasakan sangat kurang waktu itu. Seiring dengan perjalanan waktu, Gereja Toraja menyambut positif keinginan Pemerintah untuk mendirikan Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri di Toraja, sehingga keinginan itu direalisasikan melalui Pendidikan Teologi yang sudah ada yakni STT Rantepao. Oleh karena itu, STT Rantepao diserahkan ke Negara C.q Kementerian Agama RI untuk diproses menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Toraja.