Pada awalnya Yayasan ini mendirikan Sekolah Perawat Kesehatan ( SPK ) Karya Husada pada tahun 1984, selajutnya konversi menjadi Akademi Perawat Karya Husada Yogyakarta pada tahun 1999, Pada tahun 2006 membuka Akademi kebidanan Karya Husada Yogyakarta. Tahun 2009 Akademi Keperawatan dan Akademi Kebidanan Karya Husada bergabung menjadi Akademi Kesehatan (AKES) Karya Husada Yogyakarta. Kedua program studi ini telah terakreditasi BAN-PT dengan strata B. Tahun 2017 mengajukan usulan perubahan bentuk menjadi Politeknik Kesehatan Karya Husada Yogyakarta dengan menambah Program Studi D IV Promosi Kesehatan