Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan ISFI Banjarmasin (STIKES ISFI) merupakan bentuk konversi dari Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 941/M/2020 tanggal 6 Oktober 2020 tentang Izin Perubahan Bentuk Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin di Kota Banjarmasin menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan ISFI Banjarmasin di Kota Banjarmasin Provinsi Kalimantan Selatan yang Diselenggarakan oleh Yayasan Pembangunan Insan Farmasi Indonesia Banjarmasin. Dalam SK tersebut ditetapkan bahwa STIKES ISFI menyelenggarakan 2 Program Studi, yaitu: 1). Farmasi Program Diploma Tiga; dan 2). Farmasi Klinis dan Komunitas Program Sarjana.Prodi DIII Farmasi telah dilaksanakan sejak tahun 2009 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.03.05/1/4/1104/2009 tanggal 13 Maret 2009 tentang Izin Konversi Sekolah Menengah Farmasi ISFI Banjarmasin menjadi Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin Provinsi Kalimantan Selatan.Pada awal terbentuknya, Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin berada di bawah Kementerian Kesehatan dan memperoleh akreditasi B sesuai Keputusan Kepala Pusat Pendidikan dan Pelatihan Tenaga Kesehatan Kementerian Kesehatan Nomor HK.06.01/III/3/02438/2011 tanggal 30 Desember 2011 tentang Penetapan Strata Akreditasi Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin Provinsi Kalimantan Selatan. Pada tanggal 3 Januari 2012, sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 05/E/O/2012 pembinaan Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin di bawah Kementerian Kesehatan dialihkan kepada Kemdikbud. Kemudian Surat Keputusan BAN-PT Nomor 430/SK/BAN-PT/Akred/PT/XII/2018 tanggal 19 Desember 2018 menyatakan Status Akreditasi dan Peringkat Terakreditasi Perguruan Tinggi Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin dengan peringkat B. Prodi DIII Farmasi terakreditasi B pada tahun 2017 sesuai dengan SK No. 0242/LAM-PTKes/Akr/Dip/IV/2017 yang kemudian telah direakreditasi dengan peringkat Baik Sekali sesuai dengan SK No. 0092/LAM-PTKes/Akr/Dip/II/2022 yang berlaku sampai dengan 10 Februari 2027.Akademi Farmasi ISFI Banjarmasin juga telah terakreditasi B sesuai dengan SK No. 430/SK/BAN-PT/Akred/PT/XII/2018 yang telah disesuaikan dengan perubahan bentuk menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan ISFI Banjarmasin sesuai SK No. 199/SK/BAN-PT/Ak-PNB/PT/III/2021 yang berlaku sampai dengan 19 Desember 2023.