Universitas Darunnajah berdiri pada tanggal 3 Agustus 1986, dengan nama Ma’had ‘Aly, dengan spesialisasi (jurusan) Syari’ah. Program tersebut awalnya dibangun untuk para alumni Pondok Pesantren Darunnajah agar bisa melanjutkan serta memperdalam pengetahuan di bidang kajian syari’ah. Seiring dengan ketentuan sistem pendidikan nasional, nama tersebut kemudian berganti Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah (STIS) Darunnajah, yang sebelumnya pernah bernama Institut Agama Islam Darunnajah (IAID). Dengan perkembangan minat calon mahasiswa baru yang saat itu tidak hanya berasal dari alumni Pondok Pesantren Darunnajah, STIS Darunnajah membuka jurusan baru yaitu Pendidikan Bahasa Arab dan Kependidikan Islam, yang secara otomatis STIS Darunnajah berganti nama Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Darunnajah.