Untuk merespon tuntutan perkembangan ilmu pengetahuan dan perubahan mendasar atas lahirnya Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional No.2 tahun 1989 di mana jenjang pendidikan pada Departemen Pendidikan Nasional R.I dan Departemen Agama R.I, telah disamakan kedudukannya khususnya jenjang pendidikan menegah, serta untuk menampung lulusan jenjang pendidikan menengah di bawah naungan Departemen Pendidikan Nasional R.I dan Departemen Agama R.I, diperlukan perubahan status Kelembagaan dari Institut menjadi Universitas, maka atas prakarsa pimpinan IAIN Alauddin periode 2002-2006 dan atas dukungan civitas Akademika dan Senat IAIN Alauddin serta Gubernur Sulawesi Selatan, maka diusulkanlah konversi IAIN Alauddin Makassar menjadi UIN Alauddin Makassar kepada Presiden R.I melalui Menteri Agama R.I dan Menteri Pnedidikan Nasional R.I. Mulai 10 Oktober 2005 Status Kelembagaan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar berubah menjadi (UIN) Universitas Islam Negeri Alauddinn Alauddin Makassar berdasarkan Peraturan Presiden (Perpres) Republik Indonesia No 57 tahun 2005 tanggal 10 Oktober 2005 yang ditandai dengan peresmian penandatanganan prasasti oleh Presiden RI Bapak DR H Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 4 Desember 2005 di Makassar. Dalam perubahan status kelembagaan dari Institut ke Universitas , UIN Alauddin Makasar mengalami perkembangan dari lima (5) buah Fakutas menjadi 7 (tujuh) buah Fakultas dan 1 (satu) buah Program Pascasarjana (PPs) berdasarkan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 5 tahun 2006 tanggal 16 Maret 2006, yaitu: Fakuktas Syariah dan Hukum (FSH), Fakuktas Tarbiyah dan Keguruan (FTK), Fakultas Ushuluddin dan Filsafat (FUF), Fakultas Adab dan Humaniora (FAH), Fakultas Dakwah dan Komunikasi (FDK), Fakultas Sains dan Teknologi (FST), Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan (FIK),Prgoram Pascasarjana(PPs)