Universitas Muhammadiyah Papua merupakan perubahan status dari STIKOM Muhammadiyah Jayapura yang berdiri sejak tahun 2001 dan berdasarkan SK Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 973/M/2020 Tentang perubahan bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Komunikasi Muhammadiyah Jayapura menjadi Universitas Muhammadiyah Papua pada tanggal 6 oktober 2020.

Universitas Kristen Papua atau UKIP merupakan perguruan tinggi swasta di Sorong, Papua Barat Daya yang dikelola oleh yayasan Universitas Kristen Papua (UKIP).

Universitas Papua Madani Jayapura merupakan Universitas Islam di Papua, memiliki 3 Fakultas dan 5 Program Studi resmi berdiri pada tanggal 10 Januari 2023

-

Universitas Timika merupakan salah satu perguruan tinggi swasta yang telah berdiri sejak tanggal 21 April 2006. Berada di Kabupaten Mimika, jumlah dosen yang mengajar di sini mencapai 7 orang dengan jumlah siswa kisaran 90 sampai dengan 115 orang.

STAKPN Sentani adalah Sekolah Tinggi Agama Kristen Protestan di bawah naungan Direktorat Jendral Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama Republik Indonesia sebagai penyelenggara pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni pada umumnya, dan secara khusus ilmu Agama Kristen Republik Indonesia sebagai penyelenggara pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni pada umumnya dan secara khusus ilmu Agama Kristen.

Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura berawal dari Diklat Perhubungan Wilayah V yang didirikan sebagai ekspansi Pusdiklat Perhubungan Udara Curug(sekarang Pusat Pengembangan Sumber Daya Manusia Perhubungan Udara). Berdasarkan Keputusan Menteri Perhubungan Nomor:KM.22 Tahun 1989 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura dengan wilayah kerja Propinsi Maluku dan Irian (Papua). Pada tanggal 15 April 2019, Balai Pendidikan dan Pelatihan Penerbangan Jayapura secara resmi berganti nama menjadi Politeknik Penerbangan Jayapura sebagaimana tertuang pada Peraturan Menteri Perhubungan Nomor PM 28 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Penerbangan Jayapura.

Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay Jayapura dikembangkan dari Akademi Keuangan dan Perbankan. Pada saat rencana induk pengembangan memasuki rencana jangka pendek tahun 1999 memiliki sasaran program Akubank akan dikembangkan menjadi dua jurusan sejak tahun 1996 yaitu, Jurusan Keuangan dan Perbankan kemudian ditingkatkan menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Port Numbay seperti yang ada sekarang ini.

Kini Universitas Sains dan Teknologi Jayapura atau USTJ adalah salah satu kampus teknik terbaik di Papua. Dari hanya memiliki 150 mahasiswa sejak awal berdirinya, kini jumlah mahasiswa telah mencapai 4800 mahasiswa dan telah menghasilkan 10.000 alumni yang telah tersebar di berbagai lapangan pekerjaan.

Politeknik Kesehatan Kemenkes Jayapura (Poltekkes Kemenkes Jayapura) merupakan salah satu pendidikan tinggi tenaga kesehatan dilingkungan Kementerian Kesehatan Republik Indonesia yang berada di Provinsi Papua. Sebagai pendidikan tinggi kesehatan Poltekkes Jayapura mempunyai tugas pokok dan fungsi menyelenggarakan pendidikan Vokasi pada Jenjang Program Diploma III dan Program Diploma IV. Pada awal pelaksanaan Politeknik Kesehatan Kemenkes Jayapura bekerja sama dengan Universitas CenderawaSih Jayapura dan mendapatkan bantuan prasarana (ruang kelas), laboratorium untuk praktikum dan beberapa tenaga dosen. Pada saat operasional Politeknik Kesehatan mempunyai tiga (3) jurusan, yakni : Jurusan Keperawatan , Gizi dan Kesehatan Lingkungan. Sampai saat ini Poltekkes KemenkeS Jayapura telah mempunyai 6 Jurusan dan 19 Program studi Politeknik Kesehatan Kementeriafl Kesehatan Jayapura didirikan pada tahun l995 dengan nama Akademi Kesehatan Terpadu Jayapura berdasarkan surat keputusan: Surat Edaran sekertaris Jendral Depkes Nomor DL.O1.SJ.1X11770 Tanggal 29 desember 1994 Tentang Uji coba Kurikulum Terpadu pada Muity Stream Academy (MSA) Kawasan Timur Indonesia. Surat KeputuSan Kepala Pusat Diknakes No HK.00.063.1 .2660 tanggal 7 AgustuS 1995 tentang Organisasi dan Tata kerja Program Pendidikan Diploma Ill Kesehatan Terpadu (multY stream academy) di Provinsi Maluku, Irian Jaya, Nusa tenggara Timur dan Timor Timur. Surat KeputuSan Menteri Kesehatan Rl No.HK.00.06l .925 Tanggal 31 Maret 1997 tentang Program pendidikan Tenaga Kesehatan Muty Stream Academy di Provinsi Irian Jaya. Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor ll78/Menkes/SK/IV/2000 tanggal 9 AguStus 2000, tentang Organisasi dan tata Kerja Politeknik Kesehatan JayaPura. Surat Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Sosial Republik Indonesia Nomor 298/Menkessos/SK/IV/2001, tanggal 16 April 2001, tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Kesehatan.

Institut Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (IISIP) Yapis Biak pada awal berdirinya tahun 2006 merupakan alih bentuk yang semula adalah Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) Yapis Biak yang berdiri pada tahun 1981

Sekolah Tinggi Manajemen & Ilmu Komputer (STMIK) Umel Mandiri merupakan salah satu perguruan tinggi swasta di lingkungan Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (LLDIKTI) Wilayah XIV Papua & Papua Barat yang berkonsentrasi pada program studi Ilmu Komputer (S1) dan Manajemen Informatika (D3). STMIK Umel Mandiri didirikan oleh Yayasan Umel Mandiri pada 03 Maret 2005 yang masih berstatus AMIK, dan berubah bentuk menjadi STMIK Umel Mandiri berdasarkan SK Menristekdikti Nomor 1291/KPT/I/2018 tanggal 31 Desember 2018. STMIK Umel Mandiri mempunyai tujuan untuk menjadi kampus yang mampu mencetak alumni sarjana/tenaga ahli madya komputer yang berkompeten di bidang Informatika dan Komputer.

Universitas Cenderawasih merupakan perguruan tinggi negeri tertua di tanah Papua, tidak terlepas dari perjalanan panjang sejarah pendidikan di Papua. Sejak awal peran gereja baik Protestan pada tahun 1856 dan Katholik tahun 1921 telah memberikan kontribusi yang signifkan terhadap penyelenggaraan awal pengembangan pendidikan di Papua antara lain telah berdirinya Sekolah Desa (Dorpschool), Sekolah Sambung (Vervolgscool), Sekolah Teknik Rendah (Lagere Techische School), Sekolah Kerumahtangga (Huis shoudscool), Sekolah Guru (Kweekschool), dan Sekolah Tingkat Menengah yaitu HBS (Hobere Burger School) terdapat di Hollandia (Jayapura).Dengan pendidikan yang terbatas ini tidak mematahkan semangat Pemerintah Indonesia untuk membuka salah satu pendidikan tinggi di tanah Papua, sehingga pada tanggal, 10 November 1962, di kota baru (Jayapura sekarang) berdasarkan Keputusan Presiden RI No.389, tanggal 31 Desember 1962 dan Keputusan bersama WAMPA / Kordinator Urusan Irian Barat (sekarang Papua), dan Menteri PTIP. No.140 / PTIP/ 1962 tanggal 10 November 1962. Saat itu Irian Barat secara Administrasi masih dibawah Pemerintahan United Nations For Temporary Authority (UNTEA). UNTEA dibentuk oleh dan dibawah yuridiksi Sekertaris Jenderal Perserikatan Bangsa- Bangsa (PBB), yang secara administrasi Papua atau Irian Barat pada masa itu belum secara resmi kembali ke Negara Republik Indonesia dan pada tanggal 1 Mei 1963 Papua atau Irian Barat secara resmi diserahkan ke Negara Indonesia. Dengan demikian Uncen merupakan satu-satunya lembaga Pemerintahan RI yang pertama berdiri di Irian Barat (Papua), di samping perwakilan RI.

Sekolah Tinggi Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (STIISPOL) “Silas Papare” Jayapura ini merupakan suatu upaya para pemimpin yang ada di Irian Jaya pada saat itu, (Papua saat ini) dalam rangka meningkatkan Sumber Daya Manusia (SDM) dalam bidang Ilmu Pengetahun Sosial Politik dan Ilmu Kemasyarakatan

STPK Santo Yohanes Rasul Jayapura merupakan lembaga pendidikan tinggi yang mendidik calon guru Agama Katolik serta pelayan pastoral awam yang melayani kepentingan masyarakat Katolik Papa dan terbuka juga bagi masyarakat Katolik Indonesia yang berasal dari luar Papa untuk ikut belajar di sekolah ini.