Rencana awal berdirinya Universitas Karimun datangnya dari beberapa PNS di Kabupaten Karimun yang saat itu sedang mengambil Program Doktoral di Surabaya. Asumsi awal dari didirikannya Universitas di kabupaten Karimun adalah telah cukup tersedianya dosen yang dapat mengajar dengan pendidikan S2 dan S3 dan dapat mengisi Dharma pembelajaran apabila berdiri kelak. Seiring berjalannya waktu dan upaya yang telah dilakukan oleh para perintis, maka pendirian Universitas Karimun pun terwujud dengan terbitnya nomor izin: 214/D/0/2008 dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Direktur Akademik Departemen Pendidikan Nasional. Harapan mulia pendirian Universitas di daerah Kabupaten Karimun adalah untuk membantu keringan orang tua dan wali, terutama mereka yang berada di pulau-pulau yang tersebar di wilayah kabupaten Karimun agar dapat meneruskan pendidikan di daerah dengan kualitas pendidikan yang memenuhi standar minimal pengelolaan PT.

Sebagai universitas yang baru dirintis, pengelolaan Universitas Karimun pada awal-awal belum sepenuhnya lancar dan sesuai dengan standar minimum yang disaratkan Kementrian Pendidikan direktorat Pendidikan Tinggi. Tri-Dharma Perguruan Tinggi yang terdiri dari Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat dengan poin-poin penilaian yang menjadi syarat dan ukuran keterpenuhan akreditasi, masih belum optimal dikelola. Berbagai upaya untuk bangkit dari kekurangan terutama pada bidang Dharma Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat terus dilakukan berbagai pihak terutama Dosen yang secara resmi ber-homebase di Universitas Karimun.

Dengan mulai difungsikannya berbagai unsur dan elemen dari rekan-rekan yang berkecimpung lansung dalam dunia akademik, Sistim penjaminan mutu internal, transparansi pengelolaan, kerjasama dengan berbagai pihak, dan pelatihan-pelatihan yang terus menerus baik internal maupun ekternal, walhasil pada tahun 2020, Universitas Karimun telah mulai merangkak dan berangsur pulih dengan berbagai perbaikan dan keterpenuhin standar minimum pengelolaan pendidikan tinggi yang disyaratkan oleh undang-undang. Hingga saat ini Universitas Karimun telah memiliki 12 Jurnal berbasis online, dengan salah satu jurnal telah berhasil terakreditasi Nasional peringkat 5, dan 6 Jurnal lainnya sedang dalam proses akreditasi Sinta. Terdapat 10 Prodi yang semuanya terakreditasi baik, dan juga akreditas Institusi. Saat ini Universitas Karimun telah berhasil menempatkan diri pada klaster Madya bidang Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat. Ini Merupakan pencapaian yang luar biasa buat seluruh civitas Akademika Universitas Karimun. Berkat kesungguhan, keseriusan, dan komitmen seluruh warga Kampus, serta didukung oleh seluruh stakeholder, Universitas Karimun telah mulai bangkit dari di bawah standar minimum, menapak berada sedikit di atas standar minimum. Semoga upaya yang terus tiada mengenal lelah ini dapat terus dilakukan dari masa ke masa dan generasi ke generasi sehingga Universitas Karimun menjadi kampus yang terkemuka dan dapat memenuhi harapan awal didirikannya Kampus di daerah yaitu menyediakan sumberdaya manusia yang mandiri, profesional, berkualitas, dan bermoral.