Pembentukan Poltekkes ditetapkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan dan Kesejahteraan Republik Indonesia Nomor 298/Menkes-Kessos/SK/IV/2001, tanggal 16 April 2001 tentang Organisasi Tata Kerja Poltekkes.

Yayasan Maluku Husada didirikan dan dipimpin oleh Ny. Rasma Tuny,S.Sos. Didasari dengan keinginan kuat untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia di bidang kesahatan di Propinsi Maluku yang pada kenyataannya hampir 80% yang ada di pusat pelayanan kesehatan primer dan sekunder adalah lulusan Ahli Madya (DIII) Kesehatan Lingkungan, Gizi dan lain-lain serta lulusan Ahli Madya (DIII) Keperawatan, maka digagaslah sebuah pemikiran tentang perlunya lembaga pendidikan tinggi yang mendidik khusus tenaga kesehatan, yang dapat memberikan kontribusi langsung pada peningkatan Indeks Pembagunan Manusia (IPM) Maluku sejalan dengan visi dan misi provinsi Maluku. Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Maluku Husada Di Kairatu Kab. Seram Bagian Barat Diselenggarakan Oleh Yayasan Maluku Husada Di Seram Barat, dengan menyelenggarakan 4 program studi yakni Kesehatan Masyarakat, Keperawatan, Farmasi, dan Profesi Ners.

Sekolah tinggi ilmu administrasi saumlaki merupakan salah satu kampus favorit calon mahasiswa baru di Maluku. Lokasinya berada di Kampus Ukurlan - Lauran Saumlaki, Maluku Indonesia. Setiap tahunnya, kampus ini selalu ramai dipadari calon mahasiswa baru.

Lahirnya IAIN Ambon tidak terlepas adanya dorongan arus bawah dari kalangan masyarakat Islam yang diprakarsai ulama yang menyadari arti pentingnya kehadiran Pendidikan tinggi Islam di Provinsi Maluku. Memperhatikan banyaknya sekolah dan madrasah/pesantren yang berhasil menyelesaikan program studinya pada tingkat menengah atas atau yang sederajat, sementara belum ada pendidikan tinggi yang dapat menampung tamatan tersebut. Pendirian tersebut didasari atas Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985 dan Keputusan Presiden Nomor 9 tahun 1987. Dan ditindaklanjuti Keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1988, maka pada tanggal 29 Agustus 1988 IAIN Ambon yang pada waktu itu bernama IAIN Alauddin di Ambon secara resmi sebagai Perguruan Tinggi Negeri (PTN) di bawah Departemen Agama yang ada di Ambon. Dalam perkembangan selanjutnya, pada tahun 1997 berubah status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Ambon, dan pada tahun 2006 beralih status menjadi Institut Agama Islam Negeri Ambon sesuai Peraturan Presiden Nomor 111 Tahun 2006 tanggal 29 Desember 2006, dengan 3 (tiga) fakultas sebagai bagian dari pengembangan IAIN Ambon dalam menyikapi perubahan dan kebutuhan stakeholders akan variasi ilmu-ilmu keislaman saat ini. Kini, IAIN Ambon telah berkomitmen melakukan pengembangan dan perluasan berbagai program studi melalui Wider Mandate (mandat yang diperluas). Untuk pengembangannya lebih lanjut, IAIN Ambon telah mendirikan Lembaga Pengembangan, sebuah lembaga yang diharapkan dapat merencanakan, mempersiapkan dan mengurusi pengembangan dan restrukrisasi seperti pengembangan program studi baru dan langkah teknis untuk menjadikan IAIN Ambon sebagai lembaga yang mendapatkan kepercayaan di bidang Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PK-BLU).

pada awalnya, Universitas Iqra Buru dikenal dengan nama Universitas Muslim Indonesia Buru, untuk itu ketika diterbitkannya izin operasional oleh Dirjen DIKTI dengan surat keputusan Menteri Pendidikan Nasional RI Nomor : 154/D/O/2003 tertanggal 5 September 2003 tentang pemberian ijin penyelenggaraan program-program studi dan pendirian Universitas Iqra Buru di Kabupaten Buru – Maluku diselenggarakan oleh Yayasan Muslim Buru di Maluku, dengan sendirinya UMI Buru berubah nama menjadi Universitas Iqra Buru.

Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ternate pada mulanya adalah Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin di Ternate. Ide mendirikan Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Ternate berkaitan erat dengan latar belakang sejarah kehadiran IAIN sebagai Lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam yang mengemban amanah di dalam penyebaran Agama Islam di daerah Maluku Utara, Maluku, dan Papua sebagaimana dulu telah dilakukan oleh Kesultanan Ternate yang terkenal amat gigih dalam upaya penyebaran Islam dengan kekuasaannya yang luas, tidak saja terbatas di daerah Maluku melainkan juga di Sulawesi, bahkan sampai ke Philipina dan sebagainya.

Universitas Halmahera (UNIERA) Tobelo merupakan perguruan tinggi yang bertumbuh kembang melalui suatu proses sejarah dan dimulai dari sebuah Akademi Teologi yang didirikan pada 1 September 1967 di Ternate oleh Gereja Masehi Injili di Halmahera (GMIH). Perkuliahan perdana dimulai 28 Januari 1968 dan momen inilah yang kemudian diperingati sebagai hari ulang tahun lembaga.

Universitas Khairun disingkat sebagai UNKHAIR adalah sebuah perguruan tinggi negeri yang terdapat di Kota Ternate, Maluku Utara, Indonesia

Universitas Malikussaleh didirikan dengan mengambil nama besar Raja Kerajaan Samudera Pasai pertama, yang dilandasi pada semangat estafet kepemimpinan dan pembangunan yang telah diletakkannya melalui sifat kepeloporan, kedinamisan, serta patriotismenya Sultan Malikussaleh. Sultan Malikussaleh bukan saja telah mampu meletakkan dasar yang kokoh pada masanya, bahkan fundament yang pernah ia tegakkan telah mewarnai watak dan spirit bangsa ini hingga sekarang. Meskipun di daerah Aceh Kerajaan Samudera Pasai telah lenyap dan Malikussaleh juga telah wafat, namun semangat kepeloporan, kedinamisan, serta patriotismenya masih tetap terukir di sanubari dan menjadi pendorong perjuangan bangsa ini.